Dom Gorgônio Alves da Encarnação Neto nasceu em 17 de setembro de 1949, no bairro de Caieira, em Fartura (SP), filho de Januário da Encarnação e Maria Conceição Nóbrega da Encarnação. Foi batizado na Igreja Matriz Nossa Senhora das Dores em 1º de outubro de 1949 pelo Padre Quintilhano Rosa, recebendo a Crisma em 5 de agosto de 1951 e a Primeira Eucaristia em 2 de julho de 1957. Cursou o ensino primário na Escola Estadual Coronel Marcos Ribeiro entre 1957 e 1961.

Em 1961, ingressou na primeira turma de seminaristas menores do Seminário São Pio X, dos Padres Teatinos do Brasil, onde completou o ensino médio e iniciou o noviciado. Professou os votos religiosos na Ordem Teatina em 2 de fevereiro de 1967. Estudou Filosofia no Mosteiro de São Bento, em São Paulo, de 1968 a 1970, e Teologia no Instituto Teológico de São Paulo (ITESP), entre 1971 e 1974, período em que também se especializou em Pedagogia pela Universidade de Mogi das Cruzes.

Foi ordenado diácono em 7 de agosto de 1974, na Paróquia São Geraldo, em Guarulhos, e presbítero em 22 de dezembro do mesmo ano, na Igreja Matriz de Fartura, por Dom Paulo Rolim Loureiro. Atuou como formador e superior na Ordem Teatina, além de vigário geral e administrador diocesano na Diocese de Itapeva. Durante 21 anos, foi pároco da Paróquia Nossa Senhora das Dores, em sua cidade natal, onde se destacou pela dedicação pastoral e administrativa.

Em 15 de abril de 1998, foi nomeado pelo Papa São João Paulo II como primeiro bispo da recém-criada Diocese de Itapetininga (SP). Sua ordenação episcopal e posse ocorreram em 19 de julho de 1998, na Catedral Nossa Senhora dos Prazeres, presidida por Dom José Lambert. Ao completar 75 anos, apresentou sua renúncia, aceita pelo Papa Francisco em fevereiro de 2025. Atualmente, Dom Gorgônio é bispo emérito de Itapetininga e segue servindo à diocese como vigário da Paróquia Nossa Senhora das Estrelas e ecônomo diocesano.