Dom José Maria Pinheiro nasceu em 31 de julho de 1938, em Nazaré Paulista (SP). Realizou sua formação inicial no Seminário Metropolitano de São Roque e nos Seminários de Aparecida e do Ipiranga, cursando Filosofia e Teologia, além de obter mestrado em Teologia no Instituto Católico de Paris. Possui também formação em Direito, complementação filosófica, estudos em catequese na Bélgica e em pastoral social no Brasil, destacando-se desde cedo pela sólida preparação acadêmica e pastoral.

Foi ordenado sacerdote em 27 de dezembro de 1964 por Dom Agnelo Rossi, na Arquidiocese de São Paulo. Antes do episcopado, exerceu amplo ministério presbiteral como vigário e pároco em diversas paróquias paulistanas e no exterior, além de chanceler e vice-chanceler arquidiocesano. Atuou como missionário na Prelazia de Itacoatiara, no Amazonas, onde também foi vigário-geral, e desempenhou funções de destaque na CNBB, especialmente como subsecretário nacional.

Em 12 de fevereiro de 1997, foi nomeado bispo auxiliar de Guajará-Mirim, recebendo a ordenação episcopal em 19 de abril do mesmo ano, em sua cidade natal. Como bispo, continuou exercendo funções de governo pastoral e eclesial, presidiu regionais da CNBB e, em 2003, foi transferido para a Arquidiocese de São Paulo como bispo auxiliar da Região do Ipiranga. Em 2005, foi nomeado quinto bispo diocesano de Bragança Paulista, tomando posse em maio daquele ano.

Em 2009, tornou-se bispo emérito de Bragança Paulista, após concluir seu ministério à frente da diocese. Posteriormente, passou a residir na França, onde continuou exercendo serviço pastoral como vigário paroquial na Diocese de Pontoise. Seu lema episcopal, Scio cui credidi (“Sei em quem acreditei”), expressa a espiritualidade missionária e a confiança em Cristo que marcaram toda a sua vida sacerdotal e episcopal.